Funktionelle metagenomische Studie der Rhizosphäre von Erica Andevale

In letzter Zeit hat sich die Metagenomik als Alternative zu den herkömmlichen Methoden des mikrobiologischen Screenings herausgestellt, da sie eine umfassende Untersuchung der mikrobiellen Gemeinschaften in ihrer natürlichen Umgebung ermöglicht. Hier wurde diese Technik verwendet, um die Ausdehnung und Vielfalt der Resistenzmechanismen der mikrobiellen Gemeinschaften zu bewerten, die mit der Rhizosphäre von Erica andevalensis, einer extremophilen und endemischen Heidepflanze des Rio Tinto Flusses in Spanien, assoziiert sind. Zu diesem Zweck wurde eine metagenomische Bibliothek erstellt, die auf dem Plasmid pBluescript SKII+ als Klonierungsvektor basiert und Inserts mit einer Größe zwischen 2500 bp und 8000 bp (Basispaar) aufnehmen kann. Unsere Bibliothek umfasste 60.000 Klone, die wir auf vier Antibiotika selektierten: Nalidixinsäure, Tetracyclin, Streptomycin und Kanamycin. Gegen diese isolierten wir einen resistenten Klon mit einem MIC = 10¿g/ml. Die Sequenzierung des Inserts und seine anschließende bioinformatische Analyse ergab, dass es sich um eine Aminoglykosid-Phosphotransferase APH III handelt, die durch Deaktivierung durch Phosphorierung des Antibiotikums wirkt.