Bücher von Hicham Tahoune

Recently, metagenomics has emerged as an alternative to conventional microbiological screening methods, since it allows comprehensive study of microbial communities in their natural environment. Here, we used this technique to assess the extent and diversity of resistance mechanisms in microbial communities associated with the rhizosphere of Erica andevalensis, an extremophilic heather endemic to the Rio Tinto river, Spain. To this end, we built a metagenomic library based on the pBluescript SKII+ plasmid as cloning vector, accepting inserts ranging in size from 2500bp to 8000bp (base pair). Our library included 60,000 clones, to which we subjected four antibiotics: nalidixic acid, tetracycline, streptomycin and kanamycin. Against these, we isolated a resistant clone with MIC = 10¿g/ml. Sequencing of the insert and subsequent bioinformatics analysis revealed it to be an aminoglycoside phosphotransferase APH III, which acts by phosphorylation deactivation of the antibiotic.

In letzter Zeit hat sich die Metagenomik als Alternative zu den herkömmlichen Methoden des mikrobiologischen Screenings herausgestellt, da sie eine umfassende Untersuchung der mikrobiellen Gemeinschaften in ihrer natürlichen Umgebung ermöglicht. Hier wurde diese Technik verwendet, um die Ausdehnung und Vielfalt der Resistenzmechanismen der mikrobiellen Gemeinschaften zu bewerten, die mit der Rhizosphäre von Erica andevalensis, einer extremophilen und endemischen Heidepflanze des Rio Tinto Flusses in Spanien, assoziiert sind. Zu diesem Zweck wurde eine metagenomische Bibliothek erstellt, die auf dem Plasmid pBluescript SKII+ als Klonierungsvektor basiert und Inserts mit einer Größe zwischen 2500 bp und 8000 bp (Basispaar) aufnehmen kann. Unsere Bibliothek umfasste 60.000 Klone, die wir auf vier Antibiotika selektierten: Nalidixinsäure, Tetracyclin, Streptomycin und Kanamycin. Gegen diese isolierten wir einen resistenten Klon mit einem MIC = 10¿g/ml. Die Sequenzierung des Inserts und seine anschließende bioinformatische Analyse ergab, dass es sich um eine Aminoglykosid-Phosphotransferase APH III handelt, die durch Deaktivierung durch Phosphorierung des Antibiotikums wirkt.

Recentemente, a metagenómica surgiu como uma alternativa aos métodos convencionais de rastreio microbiológico, uma vez que permite estudar exaustivamente as comunidades microbianas no seu ambiente natural. Esta técnica foi aqui utilizada para avaliar a extensão e a diversidade dos mecanismos de resistência nas comunidades microbianas associadas à rizosfera de Erica andevalensis, uma urze extremófila endémica do rio Tinto, em Espanha. Para o efeito, construímos uma biblioteca metagenómica utilizando o plasmídeo pBluescript SKII+ como vector de clonagem, aceitando inserções de tamanho compreendido entre 2500 pb e 8000 pb (par de bases). A nossa biblioteca continha 60.000 clones, aos quais submetemos quatro antibióticos: ácido nalidíxico, tetraciclina, estreptomicina e canamicina. Contra estes, isolámos um clone resistente com um MIC = 10¿g/ml. A sequenciação do inserto e a subsequente análise bioinformática revelaram que se trata de uma fosfotransferase de aminoglicosídeos APH III que actua por fosforização e desactivação do antibiótico.

Recientemente, la metagenómica ha surgido como una alternativa a los métodos convencionales de cribado microbiológico, ya que permite estudiar exhaustivamente las comunidades microbianas en su entorno natural. Esta técnica se utilizó aquí para evaluar el alcance y la diversidad de los mecanismos de resistencia en las comunidades microbianas asociadas a la rizosfera de Erica andevalensis, un brezo extremófilo endémico del río Tinto, España. Para ello, construimos una biblioteca metagenómica utilizando el plásmido pBluescript SKII+ como vector de clonación, aceptando insertos de tamaños comprendidos entre 2500 pb y 8000 pb (par de bases). Nuestra biblioteca contenía 60.000 clones, a los que sometimos a cuatro antibióticos: ácido nalidíxico, tetraciclina, estreptomicina y kanamicina. Frente a ellos, aislamos un clon resistente con una CMI = 10¿g/ml. La secuenciación del inserto y el posterior análisis bioinformático revelaron que se trata de una aminoglucósido fosfotransferasa APH III que actúa por desactivación de la fosforización del antibiótico.

Recentemente, la metagenomica è emersa come un'alternativa ai metodi di screening microbiologico convenzionali, poiché consente di studiare in modo esaustivo le comunità microbiche nel loro ambiente naturale. Questa tecnica è stata utilizzata per valutare l'estensione e la diversità dei meccanismi di resistenza nelle comunità microbiche associate alla rizosfera di Erica andevalensis, un'erica estremofila endemica del fiume Rio Tinto, in Spagna. A tal fine, abbiamo costruito una libreria metagenomica utilizzando il plasmide pBluescript SKII+ come vettore di clonazione, accettando inserti di dimensioni comprese tra 2500 bp e 8000 bp (coppia di basi). La nostra libreria conteneva 60.000 cloni, ai quali abbiamo sottoposto quattro antibiotici: acido nalidixico, tetraciclina, streptomicina e kanamicina. Contro questi, abbiamo isolato un clone resistente con una MIC = 10¿g/ml. Il sequenziamento dell'inserto e la successiva analisi bioinformatica hanno rivelato che si tratta di un'aminoglicoside fosfotransferasi APH III che agisce per disattivazione della fosforilazione dell'antibiotico.

Dernièrement, la metagenomique est apparue comme une alternative aux méthodes conventionnelles de screening microbiologique, puisqüelle permet d¿étudier d¿une manière exhaustive les communautés microbiennes dans leur entourage naturel. Ici, on a utilisé cette technique pour évaluer l¿extension et la diversité des mécanismes de résistance des communautés microbiennes associées à la rhizosphère d¿ Erica andevalensis, bruyère extremophile et endémique de la rivière Rio Tinto, Espagne. Pour cela on a construit une librairie metagenomique á base du plasmide pBluescript SKII+ comme vecteur de clonage, acceptant des inserts dont la taille peut varier entre 2500pb et 8000pb (paire de base). Notre librairie comprenait 60000 clones, auxquels nos avons soumis á la sélection de quatre antibiotiques : l¿acide nalidixique, la tétracycline, la streptomycine et la kanamycine. Contre ce derniers, nous avons isolé un clone résistant avec une CMI = 10¿g/ml. Le séquençage de l¿insert et son analyse bioinformatique ultérieure a révélé qüil s¿agit d¿un aminoglycoside phosphotransferase APH III qui agit par désactivation par phosphorisation de l¿antibiotique.