Bücher von Rishee Kalaria

Diferentes estirpes de Pseudomonas syringae estão a afetar um grande número de plantas em todo o mundo. No entanto, era ainda necessário identificar potenciais compostos bioactivos que reagissem com Pseudomonas syringae e mostrassem atividade antimicrobiana. Os compostos de diferentes fontes vegetais, anteriormente conhecidos por terem propriedades antibacterianas, foram virtualmente analisados para identificar medicamentos naturais sem efeitos secundários. O acoplamento molecular identificou vinte compostos potenciais (Procianidina B2, Nimolicinol, Rutina, Xantofila, Withanolide, Hiperósido, Astragalina, Nimbaflavona, Tiplasinina, Crisofanol, Emodina, Peróxido de 9,11-Dehidroergosterol, Peróxido de Ergosterol, Hematoxilina, Ácido Elágico, Liquiritina, Azadiradiona, Meldenina, Vilasinina, Bergenina) que se verificou terem uma ligação perfeita com a proteína HrcQB da bactéria Pseudomonas syringae. Os resultados mostram que a Procianidina B2 tem uma afinidade de ligação mais elevada de -7,1, em segundo lugar está o Nimolicinol com uma afinidade de ligação de -6,9 e depois a Rutina e a Xantofila com uma afinidade de ligação de -6,7.

Diversi ceppi di Pseudomonas syringae colpiscono un gran numero di piante in tutto il mondo. Tuttavia, era necessario identificare potenziali composti bioattivi che reagissero con lo Pseudomonas syringae mostrando attività antimicrobica. I composti provenienti da diverse fonti vegetali, precedentemente noti per le loro proprietà antibatteriche, sono stati sottoposti a screening virtuale per identificare farmaci naturali privi di effetti collaterali. Il docking molecolare ha identificato venti potenziali composti (Procianidina B2, Nimolicinolo, Rutina, Xantofilla, Withanolide, Iperoside, Astragalina, Nimbaflavone, Tiplasina, Crisofanolo, Emodin, 9,11-Deidroergosterolo perossido, Perossido di Ergosterolo, Ematossilina, Acido Ellagico, Liquiritina, Azadiradione, Meldenina, Vilasinina, Bergenina) è risultato avere un legame perfetto con la proteina HrcQB del batterio Pseudomonas syringae. I risultati mostrano che la Procianidina B2 ha un'affinità di legame più alta di -7,1, il secondo è il Nimolicinolo con affinità di legame di -6,9 e poi la Rutina e la Xantofilla con affinità di legame di -6,7. Il potenziale dei composti bioattivi contro il batterio Pseudomonas syringae è stato messo in evidenza attraverso questo studio.

Différentes souches de Pseudomonas syringae affectent un grand nombre de plantes dans le monde. Mais il est toujours nécessaire d'identifier des composés bioactifs potentiels qui réagissent avec Pseudomonas syringae en montrant une activité antimicrobienne. Les composés provenant de différentes sources végétales, précédemment connus pour leurs propriétés antibactériennes, ont fait l'objet d'un criblage virtuel afin d'identifier des médicaments naturels sans effets secondaires. Le docking moléculaire a permis d'identifier vingt composés potentiels (Procyanidine B2, Nimolicinol, Rutine, Xanthophylle, Withanolide, Hyperoside, Astragaline, Nimbaflavone, Tiplasinin, Chrysophanol, Emodin, 9,11-Dehydroergosterol peroxide, Peroxyde d'ergostérol, hématoxyline, acide ellagique, liquiritine, azadiradione, meldénine, vilasinine, bergénine) se sont avérés parfaitement liés à la protéine HrcQB de la bactérie Pseudomonas syringae. Les résultats montrent que la procyanidine B2 a une affinité de liaison la plus élevée de -7,1, suivie du nimolicinol avec une affinité de liaison de -6,9, puis de la rutine et de la xanthophylle avec une affinité de liaison de -6,7.

Diferentes cepas de Pseudomonas syringae están afectando a un gran número de plantas en todo el mundo. Sin embargo, seguía siendo necesario identificar posibles compuestos bioactivos que reaccionaran con Pseudomonas syringae y mostraran actividad antimicrobiana. Los compuestos de diferentes fuentes vegetales, de los que se sabía que tenían propiedades antibacterianas, se analizaron virtualmente para identificar fármacos naturales sin efectos secundarios. El acoplamiento molecular identificó veinte compuestos potenciales (procianidina B2, nimolicinol, rutina, xantofila, withanólido, hiperósido, astragalina, nimbaflavona, tiplasinina, crisofanol, emodina, peróxido de 9,11-deshidroergosterol, Peróxido de Ergosterol, Hematoxilina, Ácido Elágico, Liquiritina, Azadiradiona, Meldenina, Vilasinina, Bergenina) se encontró que tienen una unión perfecta con la proteína HrcQB reportada de la bacteria Pseudomonas syringae. Los resultados muestran que la procianidina B2 tiene una afinidad de unión más alta de -7,1, en segundo lugar se encuentra el nimolicinol con una afinidad de unión de -6,9 y, a continuación, la rutina y la xantofila con una afinidad de unión de -6,7. El potencial de los compuestos bioactivos contra la bacteria Pseudomonas syringae se ha puesto de relieve a través de este estudio.

Verschiedene Stämme von Pseudomonas syringae befallen weltweit eine große Anzahl von Pflanzen. Dennoch bestand die Notwendigkeit, potenzielle bioaktive Verbindungen zu identifizieren, die mit Pseudomonas syringae reagieren und antimikrobielle Aktivität zeigen. Die Verbindungen aus 14 verschiedenen pflanzlichen Quellen, von denen bereits bekannt war, dass sie antibakterielle Eigenschaften haben, wurden virtuell gescreent, um nebenwirkungsfreie natürliche Arzneimittel zu identifizieren. Durch molekulares Docking wurden zwanzig potenzielle Verbindungen identifiziert (Procyanidin B2, Nimolicinol, Rutin, Xanthophyll, Withanolide, Hyperoside, Astragalin, Nimbaflavone, Tiplasinin, Chrysophanol, Emodin, 9,11-Dehydroergosterolperoxid, Ergosterolperoxid, Hämatoxylin, Ellagsäure, Liquiritin, Azadiradion, Meldenin, Vilasinin, Bergenin) eine perfekte Bindung mit dem berichteten HrcQB-Protein von Pseudomonas syringae-Bakterien gefunden. Die Ergebnisse zeigen, dass Procyanidin B2 die höchste Bindungsaffinität von -7,1 hat, an zweiter Stelle steht Nimolicinol mit einer Bindungsaffinität von -6,9 und dann Rutin und Xanthophyll mit einer Bindungsaffinität von -6,7.

Dans ce travail, l'approche in silico pour l'identification et la caractérisation des miRNAs conservés dans les étiquettes de séquence exprimée (ESTs) de lentille est adoptée. Pour l'identification de nouveaux miRNAs dans la lentille, les séquences EST ont été recherchées pour l'homologie avec les miRNAs matures connus du royaume végétal Viridiplantae en utilisant BLASTN en ligne. L'identification computationnelle basée sur la génomique comparative a donné lieu à 12 candidats miRNA potentiels appartenant à 12 familles miRNA différentes dans la lentille. Enfin, en utilisant les miRNA potentiels de la lentille, un total de 25 gènes cibles ont été prédits et leurs fonctions probables ont été illustrées. La plupart des gènes cibles des miARN de la lentille semblent coder pour la croissance, le développement, le métabolisme et la réponse au stress, la résistance aux maladies, etc. Dans un avenir proche, une meilleure compréhension des mécanismes moléculaires des miARN dans la plante de lentille pourrait aider au développement d'une technique nouvelle et précise pour comprendre certains mécanismes de silençage post-transcriptionnel des gènes en réponse à la tolérance au stress.

Neste trabalho, é adoptada a abordagem in silico para a identificação e caracterização de miRNAs conservados em etiquetas de sequência expressas em lentilha (ESTs). Para a identificação de novos miRNAs em lentilha .EST sequências foram pesquisadas para homologia contra conhecidos miRNAs maduros do reino vegetal Viridiplantae in através de BLASTN on-line. A identificação computacional baseada em comparação-genómica resultou em 12 potenciais candidatos a miRNA pertencentes a 12 famílias diferentes de miRNA em lentilha. Finalmente, utilizando os potenciais miRNA do alho, foi previsto um total de 25 genes alvo e as suas prováveis funções foram ilustradas. A maioria dos genes alvo do miRNA da lentilha que parecem codificar o crescimento, desenvolvimento, metabolismo e resposta ao stress, resistências a doenças,etc. Num futuro próximo, uma melhor compreensão dos mecanismos moleculares do miRNA em lentilha pode ajudar no desenvolvimento de uma técnica nova e precisa para compreender algum mecanismo de silenciamento de genes pós-transcripcionais em resposta à tolerância ao stress.

En este trabajo se adopta el enfoque in silico para la identificación y caracterización de miRNAs conservados en etiquetas de secuencia expresada (ESTs) de lentejas. Para la identificación de nuevos miRNAs en lentejas, las secuencias EST se buscaron por homología contra miRNAs maduros conocidos del reino vegetal Viridiplantae a través de BLASTN en línea. La identificación computacional basada en la genómica comparativa dio como resultado 12 potenciales miRNAs candidatos pertenecientes a 12 familias diferentes de miRNAs en lenteja. Finalmente, utilizando los potenciales miRNAs del ajo, se predijo un total de 25 genes diana y se ilustraron sus probables funciones. La mayoría de los genes diana de miARN de lenteja parecen codificar el crecimiento, el desarrollo, el metabolismo y la respuesta al estrés, la resistencia a enfermedades, etc. En un futuro próximo, una mejor comprensión de los mecanismos moleculares de los miRNAs en la planta de lenteja puede ayudar en el desarrollo de técnicas novedosas y precisas para comprender algunos mecanismos de silenciamiento génico post-transcripcional en respuesta a la tolerancia al estrés.

In questo lavoro, è stato adottato un approccio in silico per l'identificazione e la caratterizzazione dei miRNA conservati nei tag di sequenza espressa (EST) della lenticchia. Per l'identificazione di nuovi miRNA nella lenticchia, le sequenze EST sono state ricercate per omologia rispetto ai miRNA maturi noti del regno vegetale Viridiplantae tramite BLASTN online. L'identificazione computazionale basata sulla genomica comparativa ha permesso di individuare 12 potenziali candidati miRNA appartenenti a 12 diverse famiglie di miRNA nella lenticchia. Infine, utilizzando i potenziali miRNA dell'aglio, sono stati predetti 25 geni bersaglio e sono state illustrate le loro probabili funzioni. La maggior parte dei geni bersaglio dei miRNA della lenticchia sembra codificare la crescita, lo sviluppo, il metabolismo e la risposta allo stress, la resistenza alle malattie, ecc. In un prossimo futuro, una migliore comprensione dei meccanismi molecolari dei miRNA nella pianta di lenticchia potrebbe aiutare a sviluppare tecniche nuove e precise per comprendere alcuni meccanismi di silenziamento genico post-trascrizionale in risposta alla tolleranza agli stress.

In dieser Arbeit wird der In-silico-Ansatz zur Identifizierung und Charakterisierung von konservierten miRNAs in Linsen-Expressed-Sequence-Tags (ESTs) angewandt. Zur Identifizierung neuartiger miRNAs in Linsen wurden EST-Sequenzen auf Homologie mit bekannten reifen miRNAs aus dem Pflanzenreich Viridiplantae mittels Online-BLASTN durchsucht. Eine auf vergleichender Genomik basierende computergestützte Identifizierung ergab 12 potenzielle miRNA-Kandidaten, die zu 12 verschiedenen miRNA-Familien in Linsen gehören. Schließlich wurden anhand der potenziellen miRNAs von Knoblauch insgesamt 25 Zielgene vorhergesagt und ihre wahrscheinlichen Funktionen dargestellt. Die meisten der miRNA-Zielgene in Linsen scheinen für Wachstum, Entwicklung, Stoffwechsel und Stressreaktion, Krankheitsresistenzen usw. zu kodieren. In naher Zukunft könnte ein besseres Verständnis der molekularen Mechanismen von miRNAs in Linsenpflanzen zur Entwicklung neuartiger und präziser Techniken beitragen, um einige posttranskriptionelle Gen-Silencing-Mechanismen als Reaktion auf Stresstoleranz zu verstehen.

Dans cette étude, la séquence de la protéine d'enveloppe a été analysée et modélisée afin d'explorer les propriétés et la structure du Papaya leaf curl virus, du Papaya Mosaic virus, du Papaya ring spot virus-P & W. Comme aucune information structurelle n'est disponible pour la majorité des séquences de protéines disponibles dans la Protein Data Bank, les méthodes de calcul pour la prédiction de la structure des protéines ont suscité un grand intérêt ces dernières années. Les propriétés physico-chimiques de la protéine étudiée ont été calculées. La grande moyenne de la valeur d'hydropathie (GRAVY), le pI, le coefficient d'extinction, l'indice aliphatique et l'indice d'instabilité ont été trouvés pour les quatre souches du virus de la papaye. Cela permet à la protéine d'avoir une meilleure interaction avec l'eau. La modélisation de l'homologie a été réalisée avec PHYRE2, ModWeband Swiss Model tool. Le modèle a été validé à l'aide du logiciel PROSESS, ce qui a permis d'obtenir un diagramme de Ramachandran pour la souche du virus de la papaye. Cette étude peut aider à comprendre la fonction de la protéine, le nombre et les types d'épitopes, les portions immunogènes, et l'aptitude à la production d'anticorps, les études taxonomiques, les études d'évaluation et les diagnostics de virus.

Neste estudo, a sequência coat-protein foi analisada e modelada para explorar propriedades e estrutura do papaya leaf curl virus, papaya Mosaic virus, papaya ring spot virus-P & W. Uma vez que não existe informação estrutural disponível para a maioria das sequências proteicas um vailable em Protein Data Bank, os métodos computacionais para a previsão da estrutura proteica têm sido de grande interesse nos últimos anos. As propriedades físico-químicas da proteína em estudo foram calculadas. O valor da média geral de hidropatia (GRAVY), pI, Coeficiente de Extinção, Índice Alifático e índice de instabilidade foram encontrados para as quatro estirpes do vírus da papaia. O seu apoio à proteína para ter uma melhor interacção com a água. A modelação homológica foi realizada comPHYRE2, ModWeb e a ferramenta Modelo Suíço. O modelo foi validado utilizando a ferramenta de software PROSESS, que resultou na trama ramachandran para a estirpe do vírus da papaia. O estudo pode ajudar a compreender a função das proteínas, número e tipos de epitopos, porções imunogénicas, e adequação para a produção de anticorpos, estudos taxonómicos, estudos de avaliação e diagnósticos de vírus.

En este estudio, se analizó y modelizó la secuencia de la proteína de cubierta para explorar las propiedades y la estructura del virus de la rizadura de la hoja del papayo, el virus del mosaico del papayo y el virus de la mancha anular del papayo-P & W. Dado que no se dispone de información estructural para la mayoría de las secuencias de proteínas disponibles en el Banco de Datos de Proteínas, los métodos computacionales para la predicción de la estructura de las proteínas han sido de gran interés en los últimos años. Se calcularon las propiedades fisicoquímicas de la proteína estudiada. Para las cuatro cepas del virus de la papaya se hallaron el valor de la media general de la hidropatía (GRAVY), el pI, el coeficiente de extinción, el índice alifático y el índice de inestabilidad. Esto ayuda a que la proteína tenga una mejor interacción con el agua. El modelado de homología se realizó con las herramientas PHYRE2, ModWeband Swiss Model. El modelo se validó con la herramienta de software PROSESS, que dio como resultado el diagrama de Ramachandran para la cepa del virus de la papaya. El estudio puede ayudar a comprender la función de la proteína, el número y los tipos de epítopos, las porciones inmunogénicas y la idoneidad para la producción de anticuerpos, los estudios taxonómicos, los estudios de evaluación y el diagnóstico de virus.

In questo studio, la sequenza della proteina di rivestimento è stata analizzata e modellata per esplorare le proprietà e la struttura del Papaya leaf curl virus, del Papaya Mosaic virus e del Papaya ring spot virus-P & W. Poiché non sono disponibili informazioni strutturali per la maggior parte delle sequenze proteiche disponibili nella Protein Data Bank, negli ultimi anni i metodi computazionali per la previsione della struttura delle proteine hanno suscitato grande interesse. Sono state calcolate le proprietà fisico-chimiche della proteina in esame. Per tutti e quattro i ceppi di Papaya virus sono stati rilevati il valore medio di idropatia (GRAVY), il pI, il coefficiente di estinzione, l'indice alifatico e l'indice di instabilità. Questo supporta la proteina ad avere una migliore interazione con l'acqua. La modellazione dell'omologia è stata eseguita con PHYRE2, ModWebe Swiss Model tool. Il modello è stato convalidato utilizzando il software PROSESS, che ha fornito un diagramma di Ramachandran per il ceppo del Papaya virus. Lo studio può aiutare a comprendere la funzione della proteina, il numero e i tipi di epitopi, le porzioni immunogene e l'idoneità alla produzione di anticorpi, agli studi tassonomici, agli studi di valutazione e alla diagnostica del virus.

In dieser Studie wurde die Hüllproteinsequenz analysiert und modelliert, um die Eigenschaften und die Struktur von Papaya leaf curl virus, Papaya Mosaic virus und Papaya ring spot virus - P & W zu erforschen. Da für die meisten Proteinsequenzen, die in der Protein Data Bank verfügbar sind, keine strukturellen Informationen vorliegen, sind computergestützte Methoden zur Vorhersage von Proteinstrukturen in den letzten Jahren von großem Interesse. Die physikalisch-chemischen Eigenschaften des untersuchten Proteins wurden berechnet. Für alle vier Stämme des Papayavirus wurden der große Durchschnittswert der Hydropathie (GRAVY), der pI-Wert, der Extinktionskoeffizient, der aliphatische Index und der Instabilitätsindex ermittelt. Dies unterstützt die bessere Interaktion des Proteins mit Wasser. Die Homologiemodellierung wurde mit PHYRE2, ModWeband Swiss Model Tool durchgeführt. Das Modell wurde mit dem PROSESS-Softwaretool validiert, was zu einem Ramachandran-Plot für den Papayavirus-Stamm führte. Die Studie kann zum Verständnis der Proteinfunktion, der Anzahl und der Arten von Epitopen, der immunogenen Anteile und der Eignung für die Antikörperproduktion, für taxonomische Studien, Bewertungsstudien und die Virusdiagnostik beitragen.

Dans ce travail, l'approche in silico pour l'identification et la caractérisation des miRNA conservés dans les étiquettes de séquence exprimée (EST) de lentille est adoptée. Pour l'identification de nouveaux miRNA dans la lentille, les séquences EST ont été recherchées pour l'homologie avec les miRNA matures connus du royaume végétal Viridiplantae par le biais de BLASTN en ligne. L'identification computationnelle basée sur la génomique comparative a donné lieu à 12 candidats miRNA potentiels appartenant à 12 familles de miRNA différentes dans la lentille. Enfin, en utilisant les miRNA potentiels de la lentille, un total de 25 gènes cibles ont été prédits et leurs fonctions probables ont été illustrées. La plupart des gènes cibles des miARN de la lentille semblent coder pour la croissance, le développement, le métabolisme et la réponse au stress, la résistance aux maladies, etc. Dans un avenir proche, une meilleure compréhension des mécanismes moléculaires des miARN dans la plante de lentille peut aider au développement d'une technique nouvelle et précise pour comprendre certains mécanismes de silençage post-transcriptionnel des gènes en réponse à la tolérance au stress.

Neste trabalho, é adoptada a abordagem in silico para a identificação e caracterização de miRNAs conservados em etiquetas de sequência expressas em lentilha (ESTs). Para a identificação de novos miRNAs em lentilha foram pesquisadas sequências EST para homologia contra conhecidos miRNAs maduros do reino vegetal Viridiplantae in através de BLASTN on-line Identificação computacional baseada em comparação-genómica resultou em 12 potenciais candidatos a miRNA pertencentes a 12 famílias diferentes de miRNA em lentilha. Finalmente, utilizando os potenciais miRNAs do alho, foi previsto um total de 25 genes alvo e as suas prováveis funções foram ilustradas. A maioria dos genes alvo do miRNA da lentilha que parecem codificar o crescimento, desenvolvimento, metabolismo e respostas ao stress. resistências a doenças,etc. Num futuro próximo, uma melhor compreensão dos mecanismos moleculares do miRNA em lentilha pode ajudar no desenvolvimento de uma técnica nova e precisa para compreender algum mecanismo de silenciamento de genes pós-transcritivo em resposta à tolerância ao stress.

En este trabajo se adopta el enfoque in silico para la identificación y caracterización de miRNAs conservados en etiquetas de secuencia expresada (ESTs) de lentejas. Para la identificación de nuevos miRNAs en lenteja .EST secuencias fueron buscadas por homología contra miRNAs maduros conocidos del reino vegetal Viridiplantae en a través de BLASTN en línea Comparativa-genómica basada en la identificación computacional dio lugar a 12 potenciales candidatos miRNA pertenecientes a 12 familias diferentes miRNA en lenteja. Por último, utilizando los miARN potenciales del ajo, se predijo un total de 25 genes diana y se ilustraron sus funciones probables. La mayoría de los genes diana de miARN de lenteja parecen codificar el crecimiento, el desarrollo, el metabolismo y la respuesta al estrés, la resistencia a enfermedades, etc. En un futuro próximo, una mejor comprensión de los mecanismos moleculares de los miRNAs en la planta de lenteja puede ayudar en el desarrollo de técnicas novedosas y precisas para comprender algunos mecanismos de silenciamiento génico post-transcripcional en respuesta a la tolerancia al estrés.

In questo lavoro, è stato adottato un approccio in silico per l'identificazione e la caratterizzazione dei miRNA conservati nei tag di sequenza espressa (EST) della lenticchia. Per l'identificazione di nuovi miRNA nella lenticchia, le sequenze EST sono state ricercate per omologia rispetto ai miRNA maturi noti del regno vegetale Viridiplantae attraverso l'identificazione computazionale basata sulla genomica comparativa BLASTN, che ha portato a 12 potenziali candidati miRNA appartenenti a 12 diverse famiglie di miRNA nella lenticchia. Infine, utilizzando i potenziali miRNA dell'aglio, sono stati predetti 25 geni bersaglio e sono state illustrate le loro probabili funzioni. La maggior parte dei geni bersaglio dei miRNA della lenticchia sembra codificare la crescita, lo sviluppo, il metabolismo e la risposta allo stress, la resistenza alle malattie, ecc. In un prossimo futuro, una migliore comprensione dei meccanismi molecolari dei miRNA nella pianta di lenticchia potrebbe aiutare a sviluppare tecniche nuove e precise per comprendere alcuni meccanismi di silenziamento genico post-trascrizionale in risposta alla tolleranza agli stress.

In dieser Arbeit wird der In-silico-Ansatz zur Identifizierung und Charakterisierung konservierter miRNAs in Linsen-Expressed-Sequence-Tags (ESTs) angewandt. Zur Identifizierung neuartiger miRNAs in Linsen wurden EST-Sequenzen auf Homologie mit bekannten reifen miRNAs aus dem Pflanzenreich Viridiplantae mittels BLASTN online durchsucht. Die auf vergleichender Genomik basierende computergestützte Identifizierung ergab 12 potenzielle miRNA-Kandidaten, die zu 12 verschiedenen miRNA-Familien in Linsen gehören. Schließlich wurden anhand der potenziellen miRNAs von Knoblauch insgesamt 25 Zielgene vorhergesagt und ihre wahrscheinlichen Funktionen dargestellt. Die meisten der miRNA-Zielgene in Linsen scheinen für Wachstum, Entwicklung, Stoffwechsel und Stressreaktion, Krankheitsresistenzen usw. zu kodieren. In naher Zukunft könnte ein besseres Verständnis der molekularen Mechanismen von miRNAs in Linsenpflanzen zur Entwicklung neuartiger und präziser Techniken beitragen, um einige posttranskriptionelle Gen-Silencing-Mechanismen als Reaktion auf Stresstoleranz zu verstehen.